Jabatan Kastam Dan Eksais Diraja telah wujud di Batu Pahat sejak tahun 1918 lagi.Pada masa itu ia dikenali dengan nama "Pejabat Cukai Kastam"dan diketuai oleh Penguasa Kastam yang bertanggongjawab kepada Pesuruhjaya Kastam Negeri (sekarang dikenali sebagai Pengarah Kastam Negeri) di Johor Bahru.
Penempatan Pejabat Kastam yang mula-mula sekali di Batu Pahat terletak di tebing kanan sungai Batu Pahat,Jalan Shahbandar ,Bandar Penggaram. Sehingga kini,tapak tersebut masih lagi digunakan yang menempatkan Cawangan Import/Eksport.

Pada masa itu,aktiviti Kastam Batu Pahat hanyalah tertumpu kepada urusan import dan eksport sahaja.Antara barang-barang yang diimport ialah lada,lada hitam,lada kering,garam,gula pasir, susu ,rempah ,gandum ,tembakau ,candu ,kain dan lain-lain lagi yang di bawa masuk dari Singapura ,Cina ,India ,Indonesia dan Arab.Manakala barangan tempatan yang di bawa keluar pula ,antaranya ialah bijih timah,bijih besi , kelapa ,pisang , getah ,sagu ,buah -buahan dan ubi kayu.

Selepas Perang Dunia Kedua,disekitar tahun 1950an,pengkalan Kastam Batu Pahat telah menjadi tempat tumpuan bagi dagangan secara Tukar-Barang (Barter Trade)diantara pantai barat Semenanjung dengan Indonesia.Amalan perdagangan berkenaan berterusan sehingga kini iaitu barangan yang diimport seperti kayu bakau,kayu balak dan buji kopi telah ditukar dengan barangan makanan seperti biskut,buah-buahan dan lain-lain lagi.
Namun begitu ,selaras dengan perkembangan bandar Batu Pahat dan pembangunan perindustrian negara,peranan Kastam Batu Pahat juga telah turut berubah yang melibatkan pertambahan aktiviti ,tanggungjawab dan bilangan anggota.

Pada bulan Ogos 1985,satu lagi pejabat baru telah dibuka bertempat di tingkat 4,Wisma Supreme,yang menempatkan Cawangan Pengurusan,Cukai Dalaman dan Perindustrian.manakala bangunan lama di Jalan Shahbandar pula menempatkan Cawangan Pencegah dan Import/Eksport sahaja.

Perkembangan pesat sektor perindustrian di daerah Batu Pahat yang bermula dengan ketaranya pada era 90an telah sekali mempengaruhi pertambahan tenggungjawab dan perkembangan Pejabat Kastam Batu Pahat.
Untuk menyahut cabaran tersebut,dua buah bangunan pejabat baru dengan keluasan 2,400 kaki persegi telah dibina di atas tanah seluas 4.2 ekar di Depoh Shell,Jalan Jeragan,Batu Pahat. Kedua-dua bangunan di bina pada bulan November 1992 dan siap sepenuhnya pada 8 Disember 1994.Ia mula diduduki pada 15 Disember 1994 yang menempatkan Cawangan Pengurusan, Perindustrian , Pencegahan dan Unit Merin.Sementara Pejabat Wisma Supreme masih lagi digunakan Cawangan CDN dan CPA dan pejabat lama di Jalan Shahbandar digunakan oleh Cawangan Import Eksport sahaja.

Pada 15 Julai 2000 Cawangan CDN dan CPA telah berpindah dari Wisma Supreme ke Bangunan baru di Jalan Jeragan, dimana semua aktiviti Stesen Batu Pahat di jalankan disini melainkan Cawangan Import / Eksport yang masih kekal di Jalan Shahbandar.